Ročník 2009 se nesl v hodně netradičním trendu. Odcházející Honda byla převzatá Rossem Brawnem, který vytvořil vlastní závodní tým BrawnGP. Po vítězném doublu stáje se jezdci a týmy přesunuli do Malajsie.
Stejně jako v Austrálii, tak i v Malajsii získal pole position Jenson Button s Brawn GP. Zdálo se, že bíložlutý monopost nebude mít toho roku konkurenci.
Kubicovi se porouchalo jeho BMW a neodstartoval. Nico Rosberg s Williamsem se posunul ze čtvrtého místa na startovním roštu, aby vedl do první zatáčky, následovali Jarno Trulli a Fernando Alonso, kteří svůj systém KERS efektivně využili k posunu vpřed. Button propadl na čtvrté a McLaren Heikkiho Kovalainena skončil v polovině prvního kola mimo trať.
Po pomalém startu se Button ve třinácté zatáčce dostal před Alonsa a poté se vydal na stíhání prvních dvou. Rosberg a Trulli se zastavili pro palivo dříve než Button, který je dokázal předjet během prvních zastávek v boxech.
Přestože na trati ještě nebyla žádná voda, Kimi Räikkönen zastavil v boxech pro mokré pneumatiky ze suchých. Jeho risk se ale nevyplatil, protože v Sepangu bylo stále sucho a ztratil mnoho pozic. V průměru i přes osm vteřin na kolo.
V 19. kole začalo konečně pršet a většina jezdců zastavila v boxech pro mokré pneumatiky. V této fázi však na trati nebyla žádná stojatá voda, a tak se mokré pneumatiky začaly velmi rychle opotřebovávat.
Timo Glock použil přechodné pneumatiky, které lépe vyhovovaly podmínkám a rychle se posunul na třetí místo. Ostatní závodníci se řídili tímto příkladem a přešli také na přechodná pneumatiky, na nichž většina pole zůstala až do 31. kola. Poté se spustil mohutný monzun. Sebastian Vettel se roztočil a zůstat stát na trati. Problémy měl i například Felipe Massa, Sebastién Buemi nebo Alonso.
V důsledku přívalového deště byl závod zastaven v 33. kole. Jezdci dlouho čekali, ale déšť neustával. Räikkönen byl daleko za body, proto už se převlékl do civilu a šel si pro nanuk. Výsledky byly převzaty z klasifikace na konci 31. kola podle sportovních pravidel.
Bodované osmičce bylo uděleno po polovině původních bodů, tudíž jich vítězný Button nedostal deset, ale pět. Brit získal své druhé vítězství v sezoně. Vítězství také znamenalo, že Brawn GP se stal prvním týmem od Alfa Romeo v roce 1950, který vyhrál své první dvě Velké ceny.
Nick Heidfeld s BMW byl klasifikován na druhém místě před Timem Glockem z Toyoty. První jmenovaný byl prvním řidičem, který zaujal pódiové umístění s vozem vybaveným KERS.
